Berawal dari kunjungan Presiden Republik Indonesia kedua HM. Soeharto ke Bosnia menginspirasinya untuk memberikan hadiah yang besar bagi penduduk muslim Bosnia.

Dalam kunjungannya tersebut, Pak Harto merenungkan ide untuk membangun sebuah Masjid di pusat ibu kota sebagai hadiah untuk rakyat Bosnia dan Herzegovina.

Pak Harto pun menunjuk Fauzan Noe'man, salah satu arsitek terkemuka Indonesia untuk merancang Masjid dan melanjutkan proyek tersebut. Noe'man dikenal atas karyanya dalam membangun Masjid Agung Batam, Masjid Baiturrahim di kompleks Istana Merdeka, dan juga Masjid At-Tin di Jakarta Timur dekat Taman Mini Indonesia Indah.

Proyek pembangunan masjid di Bosnia ini dimulai pada 1995, namun gejolak politik di Indonesia, sempat menghentikan proses konstruksi. Dan syukur alhamdulillah, masjid tersebut selesai dibangun dan diresmikan pada 22 September 2001 oleh Menteri Agama RI Said Agil Al Munawar. Masjid ini diberi nama Masjid Istiqlal, sama seperti masjid nasional Istiqlal di Jakarta. Istiqlal berarti "merdeka". Masjid itu terletak di Sarajevo dan menjadi ikon baru.