Transmigrasi begitu populer di era pemerintahan Pak Harto, Presiden Republik Indonesia kedua. Saat itu pemerintah meyakini program ini strategis sebagai upaya pemerataan penduduk, peningkatan produksi pertanian, dan keamanan negara.

Program transmigrasi di era Pak Harto, dijadikan prioritas nasional yang dituangkan dalam program Pembangunan Lima Tahun (Pelita) mulai tahun 1969. Pada fase program Pembangunan Lima Tahun (Pelita) - Pelita I tahun 1969-1973, Program Transmigrasi fokus pada penyebaran penduduk dari Pulau Jawa ke pulau lain di Indonesia. 

Selain itu, juga dilaksanakan pembangunan pedesaan di lokasi tujuan transmigrasi. Dan instansi pemerintah yang menangani masalah transmigrasi saat itu adalah Departemen Transmigrasi dan Koperasi.